La chiesa di San Sepolcro sorge su due livelli - uno sotterraneo ed uno esterno - nell'omonima piazza, sull'area di quello che fu il Foro di Milano di epoca romana.
Fu fondata nel 1030 con il titolo di SS. Trinità da Benedetto Ronzone, probabile Maestro della Zecca milanese, per poi essere ricostruita nel 1100 da un suo pronipote con le forme del Santo Sepolcro di Gerusalemme, da cui il nuovo nome. Si dice che il sarcofago posto al centro della navata contenga la terra di Gerusalemme portata dai Crociati ed una ciocca dei capelli di Maria Maddalena.
Scendere nella Cripta di San Sepolcro vuol dire fare un salto nella storia, indietro di oltre 2000 anni perché seppur la Chiesa come la conosciamo oggi fu fondata nel 1030, il luogo su cui sorge la Chiesa ha almeno altri 1000 anni di storia precedente. Proprio a questa area della città si rimanda l’antico incrocio tra il Cardo e il Decumano della Milano romana le cui più importanti tracce restano oggi non solo nel pavimento della Cripta stessa, realizzato con i lastroni del Foro Romano, ma con il Foro stesso, presente a pochi metri di distanza dalla Cripta.
La Cripta è centro e cuore pulsante della città, luogo di importanza religiosa ma anche di grande valore storico. In questo senso è fondamentale la testimonianza di Leonardo da Vinci. Negli anni del suo primo soggiorno milanese, alla corte di Ludovico il Moro, egli afferma la sua attenzione sulla singolarità di San Sepolcro e ne ricava una doppia planimetria, tracciata in un prezioso disegno un tempo conservato presso la Biblioteca Ambrosiana e ora a Parigi. Nella prima planimetria Leonardo disegnò la pianta della chiesa superiore, nell’altra pianta la chiesa inferiore (o cripta) ove tratteggiò colonne, pilastri, altari, scale, sezioni, il tutto con puntuale fedeltà. Questi schizzi rivelano come la struttura sia giunta a noi pressoché intatta.
Molto importante è anche una pagina del Codice Atlantico , conservato nell’Ambrosiana, dove Leonardo disegnò una mappa della Milano dei suoi tempi: in essa volle indicare con un quadratino proprio la Chiesa di San Sepolcro definendola “il vero mezzo di Milano”, cioè il vero centro della città, come prima di lui la aveva definita l’arcivescovo Anselmo da Bovisio.
Attualmente la chiesa superiore di San Sepolcro è aperta al culto e ai visitatori mentre la Cripta è aperta al pubblico solo in determinate occasioni e con le modalità consultabili sul sito.