Il Museo Archeologico ha sede in un contesto architettonico straordinario, l'ex-convento del Monastero Maggiore di San Maurizio, fondato nell'VIII secolo d.C. , nell’area dove sorgeva il grande circo romano adiacente al palazzo imperiale (III secolo d.C.) e di cui si sono conservati resti consistenti.
Le collezioni vanno dalla Milano Romana alla Sezione Altomedioevale, Barbarica, Etrusca, Greca e del Gandhara (antica regione tra Pakistan ed Afghanistan), visitabili lungo un percorso che si snoda tra splendidi chiostri, passando per la torre poligonale, ed allestimenti dedicati alle società antiche e alla loro vita quotidiana. Il Museo promuove anche la valorizzazione delle testimonianze di epoca romana e medievale tuttora visibili nel centro di Milano e realizza interessanti laboratori per bambini, corsi di scrittura antica e mostre temporanee.