Ideata fin dal 1607 e costituita nel 1618, doveva servire, nell’intenzione del fondatore Federico Borromeo, di sussidio e di modello a una futura Accademia di belle arti per la formazione e l’educazione del gusto estetico, in conformità ai dettami del Concilio di Trento.
L’Accademia fu difatti istituita nel 1621, e primo presidente fu il pittore Giovan Battista Crespi detto il Cerano. La nuova istituzione, agli inizi, ebbe vita fiorente: vi aderirono architetti, pittori e scultori insigni, quali il Biffi, il Mangone, il Procaccini, il Morazzone, Daniele Crespi, il Nebbia; ma più tardi decadde, finché, nel 1776, cessò di esistere. Rimase, però, e si sviluppò sempre di più la Quadreria, che lo stesso cardinale Federico aveva descritto nel volume il Musaeum del 1625, e che annoverava già opere di Raffaello, Leonardo, Luini, Tiziano, Caravaggio, Brueghel, il meglio dell’intera raccolta tuttora esistente.
All’epoca della donazione del 1618, si contavano circa 250 dipinti tra originali e copie (una trentina); ora si contano più di 1.500 opere su tavola, su tela e su rame. Fanno parte di questa collezione: la Galleria Resta, o galleria portatile, cosiddetta perché riunita in un volume di grande formato e comprendente 248 disegni di vari maestri con alla testa Raffaello; il Codice Atlantico di Leonardo da Vinci con i suoi 1750 disegni di carattere tecnico-scientifico e il grande cartone di Raffaello raffigurante la Scuola d’Atene (m 8,04 x 2,85), acquistato dal cardinale Federico per l’Accademia, che presenta alcune piccole varianti rispetto all’affresco vaticano della Stanza della Segnatura.
Tra i dipinti più famosi della Pinacoteca Ambrosiana vanno segnalati: il Musico di Leonardo, la Canestra di frutta di Caravaggio, il Ritratto di dama di Giovanni Ambrogio De Predis, la Madonna del padiglione di Botticelli, il Presepe di Barocci, l’Adorazione dei magi di Tiziano, la Sacra Famiglia diBernardino Luini, il Fuoco e l’Acqua di Brueghel. Unito alla Pinacoteca è anche il Museo Settala, uno fra i primi d’Italia, fondato dal canonico Manfredo Settala (1600-1680), ed entrato all’Ambrosiana nel 1751. È una specie di museo di storia delle scienze con varie curiosità di ogni tempo.
Nel corso del '900 la Pinacoteca ha subito una serie di ristrutturazioni dovute essenzialmente agli ampliamenti dell’edificio e al danno inferto dai bombardamenti del 1943. Si ricordano, quindi, i lavori del 1905-1906, eseguiti sotto la direzione di Luca Beltrami, Antonio Grandi e Luigi Cavenaghi; quelli degli anni 1932-1938, sotto la guida di Ambrogio Annoni; il riassestamento del 1963 curato dall’architetto Luigi Caccia Dominioni per finire con l’attuale riordino compiuto negli anni 1990-1997.
